המדרש אומר כי המים לא היו מרים אלא העם שהגיע אל המים היה מר בהתנהגותו.
לפי המדרש, עם ישראל שזה עתה יצא ממצרים היה רגיל לשפע של מים. פתאום הם נחשפים למדבר הצחיח, האיום הכי גדול פתאום הוא היעדר המים החיים. עַם שיצא ממקום שבו זרַם הנילוס ומים לא היו בכלל מקור לדאגה, פתאום מגיע למקום חסר מים. הם רואים את מעט המים שנגלים אליהם במי מרה וצועקים "למה? האם זה מה שנשתה?" המרירות שלהם נובעת מהפחד העמוק שלהם. ועל זה אומר המדרש: "הדור היה מר במעשיו".